Arkham Asylum mag gezien worden als het punt waar de faam van Grant Morrison en Dave McKean mee is gestart. Pittig, maar méér dan de moeite waard.
Commissaris Gordon laat aan Batman weten dat de psychiatrische patiënten van Arkham Asylum de boel hebben overgenomen. Ze dreigen de staf van het asiel te vermoorden als Batman niet ingaat op hun verzoek om hen te ontmoeten... en een van hen te worden. De Joker zit achter de overname en laat het niet na om een bewaker te doden om te tonen dat het hem menens is. Ondertussen gaat het van kwaad naar erger met Two-Face die totaal verknipt uit therapie is gekomen. Hij kan nu zelfs niet meer beslissen over eenvoudige kwesties zoals naar het toilet gaan. Batman ziet zich verplicht om deel te nemen in een spel dat de Joker voor hem bedacht, al gaat de rest van de gevangenen zoals The Mad Hatter, Killer Croc, Clayface, Scarecrow en nog andere vijanden van Batman daar niet mee akkoord.