De jonge psychologe Harleen Quinzel werkte in Arkham Asylum toen ze daar de liefde van haar leven ontmoette: de gestoorde Joker. Ze vond zijn charmes onweerstaanbaar en veranderde in zijn al net zo gestoorde hulpje Harley Quinn. Terwijl de stad na een verwoestende aardbeving op haar kop staat, trekken zij en de Joker er samen op uit, maar de eerste hobbels in hun relatie dienen zich direct aan.
Wanneer Harley haar "poepie" daarna uit de gevangenis helpt ontsnappen, dringt langzaam het besef door dat ze ook op haar eigen benen moet leren staan. Ze knutselt aan een levensgevaarlijke achtbaan, vormt tijdelijk een dodelijk duo met Two-Face, huurt haar eigen hulpjes in en viert haar onafhankelijkheid zoals alleen zij dat kan: met een pyjamafeestje!